AnteBC – Rinnavähi polügeense riskiskoori test

AnteBC teaduslik taust

AnteBC testi olemus ja eesmärk

AnteBC on geneetiline test, mis hindab naise personaalset riski haigestuda rinnavähki, kasutades polügeenset riskiskoori (PRS) meetodit. PRS erineb standardsetest testidest sellepoolest, et riski hindamisel võetakse korraga arvesse tuhandeid geneetilisi variante. Testi tulemusel saadud kliiniline raport on välja töötatud koostöös onkoloogidega. Testi tulemused raporteeritakse ka Tervishoiu Infosüsteemis ja Patsiendiportaalis.

AnteBC testi eesmärgiks on leida üles kõrgenenud rinnavähi riskiga naised, et nad saaksid õigeaegselt uuringutele ja personaalse jälgimisplaani. AnteBC geenitest seda pakubki! AnteBC on registreeritud IVD meditsiiniseade (MSA kood: 14726) ja arendatud tervisehoiuteenuse osutaja OÜ Antegenes (L04685) laboris.

AnteBC test kasutab genoomis olevate geneetiliste variantide (ingl. k. single nucleotide polymorphism – SNP, eestikeelne hääldus “snipp”) kombineeritud informatsiooni, et hinnata personaalseid rinnavähi soodumusega seonduvaid riske. Sellise lähenemise aluseks on polügeensete riskiskooride metoodika. Riskiskooris sisalduvad SNP-d kas tõstavad või langetavad riski. AnteBC summeerib genoomis sisalduvate riski tõstvate ja langetavate SNP-de mõju üheks riskihinnanguks. Iga üksik SNP mõjutab rinnavähi koguriski vähe, aga üksikute SNP-de mõju kombineerimine aitab kliiniliselt oluliselt hinnata rinnavähi kujunemise riski. Rahvusvahelistel teadusuuringutel põhinev riskimudel on hinnatud ja valideeritud kasutades Eesti Geenivaramu ja UK Biopanga anonüümseid rahvastikuandmeid.

AnteBC põhjal hinnatakse patsiendi üksikute riske mõjutavate geneetiliste variantide hulk ning sellest tuleneb kombineeritud geneetiline riskihinnang. Selle põhjal võrreldakse patsiendi riski ülejäänud rahvastikuga, hinnatakse 10-aasta haigestumistõenäosust ning sellega kaasnevat suhtelist riski võrreldes keskmise geneetilise riskiga naisega, mille alusel koostatakse testi tulemuse interpretatsioon koos kliiniliste soovitustega.

AnteBC testi tulemusel arvutatud suhtelisest riskitasemest sõltuvad soovitused arvestavad üksnes polügeenset riskikomponenti. Testi tulemustele lisaks on soovitustes ära toodud info teiste riskitegurite kohta, mida antud test ei arvesta, kuid mille infot on võimalik siiski kasutada. Raportile lisatakse tulemuste interpretatsioon ja kliinilised soovitused.

Testi raport edastatakse patsiendile ja tervishoiu infosüsteemi. Kui patisent on saadetud Antegenesisse mõne raviasutuse poolt, siis jagatakse tulemusi ka raviarstiga.

AnteBC testi sihtgrupp

AnteBC test on soovitatud naistele vanuses 30 kuni 75 eluaastat, kes on Euroopa päritolu (AnteBC poolt kasutatavad geneetilisi riskivariante hindavad uuringud on läbi viidud valdavalt Euroopa päritoluga populatsioonidel)

AnteBC test ei ole soovitatud, kui esinevad teised olulised riski mõjutavad muutused:

  • Teil on diagnoositud rinnanäärme atüüpiline hüperplaasia või in situ kartsinoom;
  • Teil või teie bioloogilistel sugulastel on tuvastatud oluliselt rinnavähiriski tõstev patogeenne mutatsioon üksikgeenides, nagu näiteks BRCA1, BRCA2, CHEK2, PALB2, ATM, TP53, CDH1, STK11, jt geenides.

Mida on AnteBC testimiseks vaja?

AnteBC testimiseks läheb vaja teie DNA-d, mis kogutakse ja eraldatakse põsekaape materjalist (põse sisekülje rakke kogutakse spetsiaalse vatipulgaga).

AnteBC testi väljatöötamise metoodika

Polügeense riskiskoori populatsioonijaotused ja riskide eristumisvõime valideeriti Eestis asuva Eesti Geenivaramu biopanga anonüümsetel andmetel. Suuremahuliste geeniandmete põhjal testiti erinevaid rahvusvahelises teaduskirjanduses avaldatud riskiskooride mudeleid ning hinnati sõltumatus andmestikus parima sooritusega mudeli ennustustäpsust. Väljavalitud riskiskoori põhjal koostati ka võrdluste aluseks olev rahvastikujaotus.

AnteBC baasiks olev riskiskoor (Mavaddat et al., 2019) (1) on praktiliseks kasutamiseks kohandatud ja eraldi valideeritud. Valideerimise järgselt kasutab AnteBC 2803 üksikut rinnavähiga seotud SNP-i personaalsete riskiskooride arvutamiseks.

Individuaalse riskiskoori põhised tõlgendused on sõltuvad rahvastikuandmetest. AnteBC hindab individuaalse riskitaseme paiknemist võrreldes muu rahvastikuga, kasutades Eesti Geenivaramu valideerimisel hinnatud populatsioonijaotust ja patsientide vahelist riskide eristuvust. Patsiendi 10-aasta rahvastikupõhine risk arvutatakse kasutades Choudhury et al. absoluutse riski hindamise mudelit (2). Mudel kasutab sisendina Eesti Geenivaramu andmetel tehtud valideerimisest saadud polügeensete riskide eristumise hinnangut. Lisaks kasutatakse riskide hindamiseks patsiendi sugu, vanust ja epidemioloogilisel taustal patsiendi riigiga seotud üldsuremuse ja rinnavähi haigestumus- ning suremusandmeid.

AnteBC põhjal tehtavate kliiniliste soovituste aluseks on tõenduspõhised andmed rinnavähi riskifaktorite, sõeluuringute ja ennetusmeetmete kohta ning vastavad rahvusvaheliste organisatsioonide soovitused, mida kohandatakse vastavalt testi põhjal ilmnevale individuaalsele riskitasemele.

AnteBC testi läbiviimise metoodika

AnteBC testis kasutatakse patsiendi DNAd, mis kogutakse ja eraldatakse põsekaape materjalist. Geneetilise materjali analüüsiks kasutatakse teise põlvkonna genotüpiseerimisest või sekveneerimist. Standardprotseduuri käigus kasutatakse Illumina Global Screening Array-24 (GSA) v3.0 kiipi ja Illumina iSCAN sekvenaatorit. Sellisel juhul genotüpiseeritakse GSA kiibil olevad ̴̴762 000 markerit Illumina Infinium HTS (high-throughput screening) protokolli järgi (Illumina Inc, http://www.illumina.com; Document #15045738 v04).

Testide sisendina saab üldisemal juhul kasutada ka muude laiapõhjaliselt inimgenoomi katvate kiipide genotüpiseerimisest saadud DNAd, mille puhul on kontrollproovide tulemused lubatud varieeruvuse piirides. Genotüpiseerimisest saadud kvaliteedikontrollitud markerid imputeeritakse, kasutades 1000G paneeli ja inimgenoomi GRCh37 referentsi. Imputeeritud genotüübi andmete põhjal koostab Antegenes riskide analüüsi ja raportid.

AnteBC testi piirangud

  • AnteBC test ei ole kasutatav rinnavähi diagnoosimiseks.
  • AnteBC test ei ole valideeritud kasutamiseks mitte-Euroopa päritolu inimestel.
  • AnteBC testi alusel hinnatud kõrgenenud risk ei tähenda, et inimene haigestub elu jooksul rinnavähki. Samuti ei tähenda keskmine või madalam risk, et rinnavähi teke on välistatud. 
  • AnteBC test on patsiendi spetsiifiline ja ei anna hinnangut patsiendi pereliikmete ja sugulaste riskidele, st. polügeense riskiskoori põhised haigusriskid ei pruugi olla otseselt vanematelt lastele päritavalt edasikanduvad.
  • AnteBC test ei analüüsi haruldasi rinnavähi riski tõstvaid patogeenseid mutatsioone üksikgeenides, nagu näiteks BRCA1, BRCA2, CHEK2, PALB2, ATM, TP53, CDH1, STK11, jt. Soovitame seetõttu täiendavalt vajadusel päriliku kasvajariski üksikgeenide testimist, kui:
    1. Patsiendil on esinenud rinnavähk, munasarja- või munajuhade või kõhukelme vähk;
    2. Patsiendi bioloogilisel sugulasel esineb teadaolevalt rinna- ja munasarjavähi eelsoodumuse üksikgeenide mutatsioon (BRCA1, BRCA2, jt.);
    3. Esimese või teise astme bioloogilisel sugulasel on diagnoositud rinnavähk vanuses alla 45 eluaastat, diagnoositud kõhunäärme vähk, munasarjavähk, metastaatiline eesnäärmevähk, kaks või enam rinnavähi juhtu ühel isikul või esimese/teise astme bioloogilisel meessoost sugulasel on esinenud rinnavähk;
    4. Bioloogilistel sugulastel on esinenud kolm või enam pärilike vähisündroomidega seostatavat kasvajat;
    5. Ashkenazi juudi päritolu.
  • AnteBC test tugineb ajakohastele teadusuuringutele, kuid kuna geneetika valdkonnas lisandub uut informatsiooni pidevalt, siis võivad riskihinnangud aja jooksul täieneda ja muutuda. Samuti võivad muutuda soovitused testide valikuks ja kliinilised soovitused testide tulemuste põhjal.
  • Sama tunnuse erinevad polügeensed riskiskoorid võivad anda indiviidide riskidele erinevaid hinnanguid, mis tulenevad mudelitesse kaasatud geneetiliste variantide ja nende kaalude erinevustest.
  • Käesoleva testi tulemusi tuleb käsitleda kontekstis teiste asjassepuutuvate kliiniliste andmetega. Lisaks võimalikule geneetilisele eelsoodumusele mõjutavad rinnavähi riski ka teised riskifaktorid.
  • Täiendav info:

    OÜ Antegenes
    info@antegenes.ee
    Raatuse 77, 50603 Tartu
    Tel: +372 5377 8141
    www.antegenes.com

    References

     

    1. Mavaddat N, Michailidou K, Dennis J, Lush M, Fachal L, Lee A, et al. Polygenic Risk Scores for Prediction of Breast Cancer and Breast Cancer Subtypes. Am J Hum Genet. 2019;104(1):21-34.
    2. Choudhury PP, Maas P, Wilcox A, Wheeler W, Brook M, Check D, et al. iCARE: R package to build, validate and apply absolute risk models. bioRxiv. 2018:079954.