AnteCRC – Jämesoolevähi polügeense riskiskoori test

AnteCRC teaduslik taust

  • info@antegenes.com
  • +372 5377 8141

AnteCRC testi olemus ja eesmärk

AnteCRC on geneetiline test, mis hindab personaalset riski haigestuda jämesoolevähki, kasutades polügeenset riskiskoori.

AnteCRC on üheks aluseks jämesoolevähi ennetamiseks ja varajasemaks avastamiseks. AnteCRC testi eesmärgiks on vähendada jämesoolevähist põhjustatud enneaegse suremuse riski esmase ja teisese ennetuse abil.

AnteCRC on registreeritud IVD meditsiiniseade (MSA kood: 14951) ja arendatud tervisehoiuteenuse osutaja OÜ Antegenes (L04685) laboris.

AnteCRC test kasutab genoomis olevate geneetiliste variante (ingl. k. single nucleotide polymorphism – SNP, eestikeelne hääldus “snipp”) kombineeritud informatsiooni, et hinnata personaalseid jämesoolevähi tekke soodumusega seonduvaid riske. Sellise lähenemise aluseks on polügeensete riskiskooride metoodika. Riskiskooris sisalduvad SNP-d kas tõstavad või langetavad riski. AnteCRC seob genoomis sisalduvate riski tõstvate ja langetavate SNP-de hulga ning nende mõju, mis summeeritakse koguhinnanguks. Iga üksik SNP mõjutab jämesoolevähi koguriski vähe, aga üksikute SNP-de mõju kombineerimine aitab kliiniliselt oluliselt hinnata jämesoolevähi kujunemise riski. Rahvusvahelistel teadusuuringutel põhinev riskimudel on hinnatud ja valideeritud kasutades Ühendkuningriigi Biopanga anonüümseid rahvastikuandmeid.

AnteCRC põhjal hinnatakse patsiendi üksikute riske mõjutavate geneetiliste variantide hulk ning sellest tuleneb kombineeritud geneetiline riskihinnang. Selle põhjal võrreldakse patsiendi riski ülejäänud rahvastikuga, hinnatakse 10-aasta haigestumistõenäosust ning sellega kaasnevat suhtelist riski võrreldes keskmise geneetilise riskiga inimesega, mille alusel koostatakse testi tulemuse interpretatsioon koos kliiniliste soovitustega.

AnteCRC testi tulemusel arvutatud suhtelisest riskitasemest sõltuvad soovitused arvestavad üksnes polügeenset riskikomponenti. Testitulemuste tõlgendamisel on ära toodud lisaks jämesoolevähi esinemisega seotud haigustunnused, samuti näidustused haruldaste kõrge haigusriskiga üksikgeenivariantide testimiseks. Testi raport edastatakse patsiendile ja tervishoiu infosüsteemi. Kui patisent on saadetud Antegenesisse mõne raviasutuse poolt, siis jagatakse tulemusi ka raviarstiga.

AnteCRC testi sihtgrupp

AnteCRC test on soovitatud naistele ja meestele vanuses 40 kuni 75 eluaastat, kes on valdavalt Euroopa päritolu (põhjendus: AnteCRC poolt kasutatavad geneetilisi riskivariante hindavad uuringud on läbi viidud valdavalt Euroopa päritoluga populatsioonidel).

AnteCRC testi väljatöötamise metoodika

Polügeense riskiskoori populatsioonijaotused ja riskide eristumisvõime on valideeritud Ühendkuningriigi Biopanga anonüümsetel andmetel. Suuremahuliste geeniandmete põhjal testiti erinevaid riskiskooride mudeleid ning hinnati sõltumatus andmestikus parima sooritusega mudeli ennustustäpsust. Väljavalitud riskiskoori põhjal koostati ka võrdluste aluseks olev rahvastikujaotus.

AnteCRC baasiks olev riskiskoor (1) on praktiliseks kasutamiseks kohandatud ja eraldi valideeritud. Valideerimise järgselt kasutab AnteCRC 91 üksikut jämesoolevähiga seotud SNPi personaalsete riskiskooride arvutamiseks.

Individuaalse riskiskoori põhised tõlgendused on sõltuvad rahvastikuandmetest. AnteCRC hindab individuaalset riskitaseme paiknemist võrreldes muu rahvastikuga kasutades riskiskoori valideerimisel Ühendkuningriigi Biopanga andmetel hinnatud populatsioonijaotust. Patsiendi 10-aasta rahvastikupõhise riski arvutamiseks kasutatakse Choudhury et al. (2) absoluutse riski hindamise mudelit. Sisendina kasutatakse Ühendkuningriigi Biopanga andmetel tehtud valideerimisest saadud riskide eristumise hinnangut. Lisaks kasutatakse riskide hindamiseks patsiendi sugu, vanust ja epidemioloogilisel taustal patsiendi riigiga seotud üldsuremuse ja rinnavähi haigestumus- ning suremusandmeid.

AnteCRC põhjal tehtavate kliiniliste soovituste aluseks on tõenduspõhised andmed jämesoolevähi riskifaktorite ja ennetusmeetmete kohta ning vastavad rahvusvaheliste organisatsioonide soovitused, mida kohandatakse vastavalt testi põhjal ilmnevale individuaalsele riskitasemele.

AnteCRC testi läbiviimise metoodika

AnteCRC testis kasutatakse patsiendi DNAd, mis kogutakse ja eraldatakse põsekaape materjalist.

Geneetilise materjali analüüsiks kasutatakse teise põlvkonna genotüpiseerimisest või sekveneerimisest tuletatud DNA andmeid. Standardprotseduuri käigus kasutatakse Illumina Global Screening Array-24 (GSA) v3.0 kiipi ja Illumina iSCAN sekvenaatorit. Sellisel juhul genotüpiseeritakse GSA kiibil olevad ̴̴762 000 markerit Illumina Infinium HTS (high-throughput screening) protokolli järgi (Illumina Inc, http://www.illumina.com; Document #15045738 v04).

Testide sisendina saab üldisemal juhul kasutada ka muude laiapõhjaliselt inimgenoomi katvate kiipide genotüpiseerimisest saadud DNAd, mille puhul on kontrollproovide tulemused lubatud varieeruvuse piirides. Genotüpiseerimisest saadud kvaliteedikontrollitud markerid imputeeritakse, kasutades 1000G paneeli ja inimgenoomi GRCh37 referentsi. Imputeeritud genotüübi andmete põhjal koostab Antegenes riskide analüüsi ja raportid.

AnteCRC testi piirangud

  • AnteCRC test ei ole kasutatav jämesoolevähi diagnoosimiseks.
  • AnteCRC test ei ole valideeritud kasutamiseks mitte-Euroopa päritolu inimestel.
  • AnteCRC testi alusel hinnatud kõrgenenud risk ei tähenda, et inimene haigestub elu jooksul jämesoolevähki. Samuti ei tähenda keskmine või madalam risk, et jämesoolevähi teke on välistatud.
  • AnteCRC test on patsiendi spetsiifiline ja ei anna hinnangut patsiendi pereliikmete ja sugulaste riskidele, st. polügeense riskiskoori põhised haigusriskid ei pruugi olla otseselt vanematelt lastele päritavalt edasikanduvad.
  • AnteCRC test ei analüüsi haruldasi jämesoolevähi riski tõstvaid patogeenseid mutatsioone üksikgeenides, nagu näiteks APC, KRAS, TP53, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, STK11, MUTYH, jt. Soovitame meditsiinigeneetiku nõustamist ja päriliku kasvajariski üksikgeenide testimist, kui:
    1. Patsiendi bioloogilisel sugulasel esineb jämesoolevähi kõrgenenud eelsoodumuse üksikgeenide (APC, KRAS, TP53, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, STK11, MUTYH, jt.) mutatsioon;
    2. Mitmel bioloogilisel sugulasel on diagnoositud jämesoole vähk;
    3. Bioloogilistel sugulastel kolm või enam pärilike vähisündroomidega seostatavat kasvajat.
  • AnteCRC test tugineb ajakohastele teadusuuringutele, kuid kuna geneetika valdkonnas lisandub uut informatsiooni pidevalt, siis võivad riskihinnangud aja jooksul täieneda ja muutuda. Samuti võivad muutuda soovitused testide valikuks ja kliinilised soovitused testide tulemuste põhjal.
  • Sama tunnuse erinevad polügeensed riskiskoorid võivad anda indiviidide riskidele erinevaid hinnanguid, mis tulenevad mudelitesse kaasatud geneetiliste variantide ja nende kaalude erinevustest.
  • Käesoleva testi tulemusi tuleb käsitleda kontekstis teiste asjassepuutuvate kliiniliste andmetega. Lisaks võimalikule geneetilisele eelsoodumusele mõjutavad jämesoolevähi riski ka teised riskifaktorid.
  • Täiendav info:

    OÜ Antegenes
    info@antegenes.ee
    Raatuse 77, 50603 Tartu
    Tel: +372 5377 8141
    www.antegenes.com

    References

    1. Huyghe, Jeroen R., et al. “Discovery of common and rare genetic risk variants for colorectal cancer.” Nature genetics51.1 (2019): 76.
    2. Choudhury, Parichoy Pal, et al. “iCARE: An R Package to Build, Validate and Apply Absolute Risk Models.” bioRxiv(2018): 079954.