AntePC – Eesnäärmevähi polügeense riskiskoori test

AntePC teaduslik taust

  • info@antegenes.com
  • +372 5377 8141

AntePC testi olemus ja eesmärk

AntePC on geneetiline test, mis hindab meeste personaalset riski haigestuda eesnäärme vähki, kasutades polügeenset riskiskoori.

AntePC on üheks aluseks eesnäärmevähi varajasemaks avastamiseks. AntePC testi eesmärgiks on vähendada eesnäärmevähist põhjustatud enneaegse suremuse riski täpsema sõeluuringu abil.

AntePC on registreeritud IVD meditsiiniseade (MSA kood: 14952) ja arendatud tervisehoiuteenuse osutaja OÜ Antegenes (L04685) laboris.

AntePC test kasutab genoomis olevate geneetiliste variante (ingl. k. single nucleotide polymorphism – SNP, eestikeelne hääldus “snipp”) kombineeritud informatsiooni, et hinnata personaalseid eesnäärmevähi soodumusega seonduvaid riske. Sellise lähenemise aluseks on polügeensete riskiskooride metoodika. Riskiskooris sisalduvad SNP-d kas tõstavad või langetavad riski. AntePC seob genoomis sisalduvate riski tõstvate ja langetavate SNP-de hulga ning nende mõju, mis summeeritakse koguhinnanguks. Iga üksik SNP mõjutab eesnäärmevähi koguriski vähe, aga üksikute SNP-de mõju kombineerimine aitab kliiniliselt oluliselt hinnata eesnäärmevähi kujunemise riski. Rahvusvahelistel teadusuuringutel põhinev riskimudel on hinnatud ja valideeritud kasutades Eesti Geenivaramu ja Ühendkuningriigi Biopanga anonüümseid rahvastikuandmeid.

AntePC põhjal hinnatakse patsiendi üksikute riske mõjutavate geneetiliste variantide hulk ning sellest tuleneb kombineeritud geneetiline riskihinnang. Selle põhjal võrreldakse patsiendi riski ülejäänud rahvastikuga, hinnatakse 10-aasta haigestumistõenäosust ning sellega kaasnevat suhtelist riski võrreldes keskmise geneetilise riskiga mehega, mille alusel koostatakse testi tulemuse interpretatsioon koos kliiniliste soovitustega.

AntePC testi tulemusel arvutatud suhtelisest riskitasemest sõltuvad soovitused arvestavad üksnes polügeenset riskikomponenti. Testitulemuste tõlgendamisel on ära toodud lisaks eesnäärmevähi esinemisega seotud haigustunnused, samuti näidustused haruldaste kõrge haigusriskiga üksikgeenivariantide testimiseks.

Testi raport edastatakse patsiendile ja tervishoiu infosüsteemi. Kui patisent on saadetud Antegenesisse mõne raviasutuse poolt, siis jagatakse tulemusi ka raviarstiga.

AntePC testi sihtgrupp

AntePC test on soovitatud meestele vanuses 40 kuni 70 eluaastat, kes on valdavalt Euroopa päritolu (põhjendus: AntePC poolt kasutatavad geneetilisi riskivariante hindavad uuringud on läbi viidud valdavalt Euroopa päritoluga populatsioonidel).

AntePC testi väljatöötamise metoodika

Polügeense riskiskoori populatsioonijaotused ja riskide eristumisvõime on valideeritud Eestis asuva Eesti Geenivaramu biopanga anonüümsetel andmetel. Suuremahuliste geeniandmete põhjal testiti erinevaid riskiskooride mudeleid ning hinnati sõltumatus andmestikus parima sooritusega mudeli ennustustäpsust. Väljavalitud riskiskoori põhjal koostati ka võrdluste aluseks olev rahvastikujaotus.

AntePC baasiks olev riskiskoor (1) on praktiliseks kasutamiseks kohandatud ja eraldi valideeritud. Valideerimise järgselt kasutab AntePC 121 üksikut eesnäärmevähiga seotud SNPi personaalsete riskiskooride arvutamiseks.

Individuaalse riskiskoori põhised tõlgendused on sõltuvad rahvastikuandmetest. AnteBC hindab individuaalse riskitaseme paiknemist võrreldes muu rahvastikuga, kasutades Eesti Geenivaramu valideerimisel hinnatud populatsioonijaotust ja patsientide vahelist riskide eristuvust. Patsiendi 10-aasta rahvastikupõhine risk arvutatakse kasutades Choudhury et al. absoluutse riski hindamise mudelit (2). Mudel kasutab sisendina Eesti Geenivaramu andmetel tehtud valideerimisest saadud polügeensete riskide eristumise hinnangut. Lisaks kasutatakse riskide hindamiseks patsiendi sugu, vanust ja epidemioloogilisel taustal patsiendi riigiga seotud üldsuremuse ja rinnavähi haigestumus- ning suremusandmeid.

AntePC põhjal tehtavate kliiniliste soovituste aluseks on tõenduspõhised andmed eesnäärmevähi riskifaktorite, sõeluuringute ja ennetusmeetmete kohta ning vastavad rahvusvaheliste organisatsioonide soovitused, mida kohandatakse vastavalt testi põhjal ilmnevale individuaalsele riskitasemele.

AntePC testi läbiviimise metoodika

AntePC testis kasutatakse patsiendi DNAd, mis kogutakse ja eraldatakse põsekaape materjalist.

Geneetilise materjali analüüsiks kasutatakse teise põlvkonna genotüpiseerimist või sekveneerimist. Standardprotseduuri käigus kasutatakse Illumina Global Screening Array-24 (GSA) v3.0 kiipi ja Illumina iSCAN sekvenaatorit. Sellisel juhul genotüpiseeritakse GSA kiibil olevad ̴̴762 000 markerit Illumina Infinium HTS (high-throughput screening) protokolli järgi (Illumina Inc, http://www.illumina.com; Document #15045738 v04).

Testide sisendina saab üldisemal juhul kasutada ka muude laiapõhjaliselt inimgenoomi katvate kiipide genotüpiseerimisest saadud DNAd, mille puhul on kontrollproovide tulemused lubatud varieeruvuse piirides. Genotüpiseerimisest saadud kvaliteedikontrollitud markerid imputeeritakse, kasutades 1000G paneeli ja inimgenoomi GRCh37 referentsi. Imputeeritud genotüübi andmete põhjal koostab Antegenes riskide analüüsi ja raportid.

AntePC testi piirangud

  • AntePC test ei ole kasutatav eesnäärmevähi diagnoosimiseks.
  • AntePC test ei ole valideeritud kasutamiseks mitte-Euroopa päritolu inimestel.
  • AntePC testi alusel hinnatud kõrgenenud risk ei tähenda, et inimene haigestub elu jooksul eesnäärmevähki. Samuti ei tähenda keskmine või madalam risk, et eesnäärmevähi teke on välistatud. 
  • AntePC test on patsiendi spetsiifiline ja ei anna hinnangut patsiendi pereliikmete ja sugulaste riskidele, st. polügeense riskiskoori põhised haigusriskid ei pruugi olla otseselt vanematelt lastele päritavalt edasikanduvad.
  • AntePC test ei analüüsi haruldasi eesnäärmevähi riski tõstvaid patogeenseid mutatsioone üksikgeenides, nagu näiteks BRCA1, BRCA2, ATM, CHEK2, EPCAM, HOXB13, MLH1, MSH2, MSH6, jt. Näidustused üksikgeenide eelsoodumuse testimiseks on:
    1. Patsiendi bioloogilisel sugulasel esineb rinna- ja munasarjavähi eelsoodumuse üksikgeenide mutatsioon (BRCA1, BRCA2);
    2. Esimese või teise astme bioloogilisel sugulasel on diagnoositud rinnavähk vanuses alla 50 eluaastat, diagnoositud kõhunäärme vähk, munasarjavähk, metastaatiline eesnäärmevähk, kaks või enam rinnavähi juhtu ühel isikul või esimese/teise astme bioloogilisel meessoost sugulasel on esinenud rinnavähk;
    3. Bioloogilistel sugulastel on esinenud kolm või enam pärilike vähisündroomidega seostatavat kasvajat;
    4. Ashkenazi juudi päritolu.
  • Nende kriteeriumite esinemisel soovitame meditsiinigeneetiku nõustamist ja vajadusel päriliku kasvajariski üksikgeenide testimist.
  • AntePC test tugineb ajakohastele teadusuuringutele, kuid kuna geneetika valdkonnas lisandub uut informatsiooni pidevalt, siis võivad riskihinnangud aja jooksul täieneda ja muutuda. Samuti võivad muutuda soovitused testide valikuks ja kliinilised soovitused testide tulemuste põhjal.
  • Sama tunnuse erinevad polügeensed riskiskoorid võivad anda indiviidide riskidele erinevaid hinnanguid, mis tulenevad mudelitesse kaasatud geneetiliste variantide ja nende kaalude erinevustest.
  • Käesoleva testi tulemusi tuleb käsitleda kontekstis teiste asjassepuutuvate kliiniliste andmetega. Lisaks võimalikule geneetilisele eelsoodumusele mõjutavad eesnäärmevähi riski ka teised riskifaktorid.
  • Täiendav info:

    OÜ Antegenes
    info@antegenes.ee
    Raatuse 77, 50603 Tartu
    Tel: +372 5377 8141
    www.antegenes.com

    References

    1. Schumacher, Fredrick R., et al. “Association analyses of more than 140,000 men identify 63 new prostate cancer susceptibility loci.” Nature genetics50.7 (2018): 928.
    2. Choudhury, Parichoy Pal, et al. “iCARE: An R Package to Build, Validate and Apply Absolute Risk Models.” bioRxiv(2018): 079954.